По площади Маркаколь занимает четвертое место среди озер области. Она равна 455 км². Расположено озеро в альпийской зоне в 1447 метрах над уровнем моря. Его окаймляют горные хребты Курчумский и Азутау. 
Максимальная глубина Маркаколя составляет 27 метров. Озеро поражает своей красотой и чистотой воды. Всего в озеро впадает около ста рек и ручьев, а вытекает единственная река Калжыр. 
Здесь располагается Маркакольский государственный природный заповедник.
Флора окрестностей озера включает более 700 видов растений, а фауна — 55 видов млекопитающих. Среди охраняемых растений – кедровая сосна, лилия-саранка, алтайский аконит. Основным богатством озера является ускуч – рыба семейства лососевых. Эта рыба в Казахстане водится только в Маркаколе. Из редких животных близ озера была отмечена кабарга, которая нигде более в Казахстане не встречается.
Название озера известно с XVIII века. Именно тогда, после изгнания джунгар с территории Восточного Казахстана, скотоводы стали осваивать богатые альпийские пастбища и обнаружили это озеро с пресной и чистой водой. «Марка» в переводе с казахского – шкура годовалого ягненка, очертания которой, согласно одному из преданий, напоминают берега озера.
Маркаколь посещали известные исследователи: П.П. Семенов-Тян-Шанский, К.В. Струве, Г.Н. Потанин, В.В. Сапожников.
Елена Мацковская